飞船的选择直接影响玩家的资源采集效率和战斗表现。根据舰船类型和功能定位，游戏中的飞船主要分为战斗用舰船和资源采集用舰船两大类。战斗用舰船包括护卫舰、驱逐舰、巡洋舰、战列巡洋舰、航空母舰等，而资源采集用舰船则主要是各类工程舰。不同类型的舰船在游戏中发挥着不可替代的作用，合理的舰船搭配能够帮助玩家在宇宙探索中占据优势。
战斗用舰船中，战列巡洋舰和航空母舰属于顶级战力。新君士坦丁大帝级战巡和太阳鲸航母是后期舰队核心，具备强大的火力和生存能力。巡洋舰如V2.0轻型攻击巡洋舰和066级通用巡洋舰则是中期过渡的重要选择。驱逐舰方面，枪骑兵级和斗牛级在前期表现突出，而护卫舰中的刺水母级和澄海级以其高性价比受到玩家青睐。战机系统中，林鄂A100型、刺鳐和孢子A404属于S级战机，对舰作战能力出色。
资源采集方面，工程舰的选择直接影响资源获取速度。中型工程舰如721载货型在中期性价比最高，而后期则应转向大型工程舰提升效率。工程舰需要搭配仓库舰提升存储容量，减少往返基地的时间损耗。每个资源点只能部署一艘工程舰，因此选择容量大、效率高的型号至关重要。工程舰的蓝图研究应优先提升采集速度和仓库容量，技术点分配需合理规划。
舰船强化系统是提升战力的关键环节。通过蓝图研究获得的技术点可用于改造武器、护甲、动力等系统，每艘船有5-7个可改装配件。技术点获取途径包括战斗经验、任务奖励和开箱，合理分配技术点能显著提升舰船性能。需技术点绑定特定舰船型号，无法在不同型号间通用。洗点功能可重置技术点分配，但需谨慎使用以避免资源浪费。
后勤支援型舰船在持久战中扮演重要角色。苔原级和卫士支援型是游戏中的顶级奶船，提供持续治疗能力。谷神星支援型配备2个维修无人机，乌拉诺斯之矛改造件则可搭载6个维修无人机。这些后勤舰船能有效降低战损，尤其在对抗高级野怪和玩家间战斗时价值显著。合理搭配战斗舰船与后勤舰船的比例，是组建均衡舰队的重要考量因素。
游戏中的舰船存在明显的克制关系，理解这点对战斗至关重要。火炮类武器对小型舰和无人机效果显著，鱼雷则针对中型舰设计。导弹伤害高但发射频率低，光束武器则具有稳定输出特性。防空系统分为自体防空和区域防空两种，光锥级防空无人机是优秀的区域防空选择。玩家需要根据敌方舰队构成调整己方舰船配置，避免单一舰种组成的舰队被针对性克制。
